Окончил Корнелльский и Гарвардский университет.
Более 10 лет являлся сотрудником отдела политологии исследовательского центра RAND Corporation и профессором государственной политики в Университете Джорджа Мейсона. В Государственном департаменте США занимал должности специалиста по Ближнему Востоку и заместителя директора по политическим и военным вопросам в Европе. Член попечительского совета RAND Corporation, управляющего совета Высшей школы RAND им. Фредерика Парди ( Frederick S. Pardee RAND Graduate School ), член консультативных советов журналов «Джорнал оф Демокраси» ( Journal of Democracy ) и «Эволюшнари Сайколоджи» ( Evolutionary Psychology ), а также член консультативных советов экспертных центров Inter-American Dialogue и New America Foundation и фонда FINCA. Является почетным доктором Колледжа Коннектикута, Колледжа Доуна, Университета Досися (Япония), Университета Кансай (Япония), а также Университета Орхуса (Дания).
Доктор философии, бакалавр гуманитарных наук профессор Фрэнсис Фукуяма занимает почетную должность старшего научного сотрудника в Институте международных исследований Фримена Спольи, учрежденную в честь Оливера Номеллини, а также должность старшего научного сотрудника в Центре по вопросам демократии, развития и верховенства права при Стэнфордском университете. Ранее занимал профессорскую должность имени Бернарда Шварца в области международной политической экономии на кафедре высших международных исследований Университета Джона Хопкинса, где также являлся директором курса по развивающимся странам.
Является председателем редакционного совета журнала «Американ Интрест» ( American Interest ).